《红壳的潘多拉》讲述原案是因著作《苹果核战》和《攻壳机动队》而知名的士郎正宗，担当作画的则是《迷糊女战士》的作者六道神士。随着技术的进步，改造人和机器人在一般社会也开始广泛使用。这是个全世界频繁发生大规模自然灾害，同时社会的贫富差距也在扩大的混乱时代。除了大脑以外全身机械化的全身义体少女七转福音，造访了最高级的休闲岛屿赛楠库尔岛。但持有强力武装的巨大自律型挖掘机的布耶尔突然暴走，和平的岛面临崩坏的危机。福音协助在岛上遇到的神秘科学家乌萨尔大利拉，以及美少女型智能机器人库拉莉翁，向布耶尔发起反抗。