突然袭向全世界的一个前所未有的大灾难“第二次冲击”。这灾害令接近半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。正当人们以为终于回复和平日子的时候──14岁的少年碇真嗣被父亲召来第三新东京市。
当他正等待迎接时，眼前的山间突然出现一只巨型生物！这是被称为“使徒”的神秘存在，它正与国连军展开激烈交战。受到爆风波及，陷入危机的真嗣。把他救出的是一位名为葛城美里的女性。
乘坐美里的车来到特务机关NERV总部，真嗣和他父亲相隔十年终于再见。然而，真嗣却被父亲碇源堂带往参观秘密开发的巨大人型兵器，更被迫与使徒对抗。这就是真嗣与人造人EVA初号机的相遇。
虽然真嗣采取反抗态度，但当他看到女性驾驶员绫波丽的伤势后，终于否定了逃避念头，决意出击。在未受任何训练之下，首次与使徒对峙的EVA初号机和真嗣。
被托付了全世界命运的14岁少年真嗣，到底会怎样战斗？还有隐藏在第二次冲击背后的“人类补完计划”的真相又是什么？
掌握著所有谜团的碇源堂，只是静静地注视著苦战的真嗣……