在近未来的城市「心之地」里，无论是大人或小孩都热衷于AR决斗。这城市的主角九十九游马热衷于这种决斗，但一直以来都是连败者。 某日，九十九游马与学校头号不良少年「鲨鱼」——神代凌牙决斗，而这场决斗将改变九十九游马的命运。于这场激斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并被九十九游马利用挂坠锁匙打开。大门散发出无数光芒，站着九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体星光体！为取回星光体失去的记忆，星光体需拿回99张名字带有「No.」的多维怪兽卡，因此九十九游马及星光体两人开始一起行动。