立志成为海贼王的少年蒙奇·D路飞将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、还有尼克·罗宾加入到新伙伴之中，继续航行。就在这时，一艘巨大的船从天上落下来。路飞等人躲开了掉落的船，在千钧一发之间得救了。这是一张写着“skypia”的地图，乘着风来到了他们身边，那是一张天空之地“空岛”的地图。但是突然天空开始阴天巨人的影子出现了…。
路飞等人在贾亚遇到了海盗蒙布朗·板球。后来才知道板球是400年前的绘本《说谎的诺兰岛》中不光荣的探险家的后代。但是板球的祖先诺兰特可能真的去了空岛，而不是骗子。路飞等人知道了航海日志上描述的冲击性的事实作为证据。路飞等人知道作为前往空岛的唯一线索必须被怪物海流吞没，于是坐上玛丽号被海流吞没…。
穿过汹涌的海流，首先到达的是云端上存在岛屿的神之国——斯凯皮亚。高兴的草帽一伙出现了天上的骑士甘弗尔和天上的居民柯尼斯。但是，那里却是被称为全能神的艾妮露所支配的国家…。