故事的主人公露恩·芭洛特是生活在马杜克市的未成年妓女。
经营着赌场的野心家榭尔捡到了无依无靠的她之后，给予了芭洛特一切。虚假的出身、虚假的过去和现实，彻头彻尾的简直像要重新书写一个人的人格一样。芭洛特学会了把自己的心封闭在壳里，渐渐的习惯了日复一日封闭自己的生活。
芭洛特明知道自己应该感激给予自己一切的榭尔，却又忍不住想知道自己是谁。一旦想起悲惨的过去，却只能感激现在的一切。有一次，芭洛特忍不住用计算机搜索到了自己的经历。这一次的过错，改变了她的人生。榭尔在知道了她的举动之后，决定将她烧死。
芭洛特在死亡线上挣扎了一圈之后终于保住性命。马杜克市事件的负责人乌夫库克博士将她全身的皮肤用强化纤维再造，使她活了过来。然而她却不得不面临新的选择，马杜克市有一个法令，以保护人命为目的的紧急法令——马杜克紧急法令09：使用法令禁止的科学技术所特别许可的特殊能力。芭洛特是否能得到这种能力，她又将如何生存下去？她的存在价值，她被杀的原因，她将直面这一切残酷的事实。
剧场版1：壳中少女 压缩
剧场版2：壳中少女 燃烧
剧场版3：壳中少女 排气